Картофите се нарязват на кубчета, лукът на ивици. В тиган се загрява зехтинът в него се запържват каймата и лукът, докато каймата стане на трохи. Добавят се картофите, по желание и чушката, нарязана на кубчета или тънки ивици, подправките и сухият бульон, долива се около 150 мл вода и се слага капак. Котлонът се намалява на половината капацитет и ястието се оставя да къкри около 30 минути. На всеки 10 минути се разбърква с лопатка, като внимателно се обръща, за да не се трошат картофите. След 30 минути ястието би трябвало да е останало на мазнина. Когато картофите са почти сварени, се слага топеното сирене, да се разтопи и стане на сос.

Който обича, прави заливка от кисело мляко, брашно и яйца, и я разпределя равномерно върху подравненото ястие. Слага се капакът и се оставя, докато заливката се стегне. Тази работна стъпка може и да се пропусне. Поръсва се кашкавалът, смесен с нишестето, и се оставя да се разтече под капак. Мусаката се сервира поръсена с магданоз.

* Каймата може да се замени със същото количество сурова наденица, кренвирши, салам, пушено месо или шунка - така ястието придобива всеки път различен характер и вкус.